马来西亚柔佛港坚持其多用途港口的传统发展方向，坚持把港口经营的重点放在液化货物、散杂货码头的服务质量提高上。

自从 1975 年建港以来，柔佛港一直是以散杂货运输为主业的港口，主要出口当地盛产的木材、棕榈油、橡胶，后来又发展了大豆、小麦、玉米等粮食作物出口，以及肥料和硅酸盐的进口，还有大量进口液化气和石油产品。港口年盈利逐年攀升，近年来颇受世人瞩目。据统计，柔佛港出口的棕榈油运量世界第一， 2004 年出口量超过了 400 万吨，随着马来西亚半岛南部有更多的土地转为棕榈树种植业，今后 10 年由柔佛港出口的棕榈油运量将继续攀升。目前，柔佛港正在新建一座棕榈油储罐和一条直接通往油轮码头的棕榈油输送管道，以便迎接马来西亚棕榈油出口的新高潮。

2004 年 3 月，新加坡远东油品码头第一公司与柔佛港务局签订了长期租用柔佛港石油装卸码头的协议，此举必然大幅度提高柔佛港今后石油产品的进出口运量。目前，柔佛港正在改造扩建第三号码头，以便增加石油产品的装卸速度。

2004 年 3 月 30 日，伦敦金属交易市场宣布马来西亚柔佛港为亚洲第四大的金属运输港口（以铝、铝合金、铅、锌、铜、镍、锡为主），名次排在新加坡、日本和韩国之后。仅仅在 2004 年 6 月 1 日，就一次性进货 28,000 吨锌锭，这是柔佛港有史以来最大的一笔锌锭交易，而以前每一次交易量不过是 4,000 至 5,000 吨。金属交易已经成为柔佛港进出口的大宗货物。柔佛港不仅在东南亚，甚至在全世界扩大其影响力。为此，柔佛港投资 1,000 万美元，新建了四座金属仓库和改造了现有的两座仓库，仓库面积总量从 80 万平方英尺增加到了 150 万平方英尺。

自从马来西亚政府在 10 年前推广港口码头私有化以来，柔佛港码头的产权也逐步从原来的州政府所有变成了私人所有。现在的柔佛港产权属于由马来西亚企业家 Syed Mokhtar Al-bukhary 所掌控的 Ciptra Indah 和马来西亚矿产公司（ MMC ）联合的公司集团。该集团同时是近年来东南亚发展速度最快的丹戎帕拉帕斯港（ PTP ）的主要控股人。

早在 20 世纪 90 年代初，柔佛港就开始在其传统多用途码头的基础上实施集装箱码头建设，发展到今天，已经拥有长度为 760 米 的集装箱码头，泊位水深 15 米 ，可以停靠 8 万载重吨的集装箱船，年吞吐量超过 80 万标准箱，全部实现电子信息化数据管理。柔佛港是马来西亚第三大集装箱港口，排名在巴生港和丹戎帕拉帕斯港之后。柔佛港务当局认为，周边已有超级大港新加坡港，再发展集装箱码头，会走入死胡同，不如继续以油品、粮食、肥料、金属等散杂货装卸为主，反而可以垫补新加坡港的不足，因为多用途码头服务，在任何时候都是一个需要。

但是，柔佛港迄今仍然是一座以多用途为其特色、以为地方经济服务和推动发展地方经济为其宗旨的海港，方圆几十英里之内的工业园区的产品、成品和原材料，几乎都是从柔佛港进出。 2004 年 9 月，柔佛港与马来西亚柔佛州政府签订了全盘接收原国有粮食进出口公司的备忘录，由柔佛港全盘经营管理粮食进出口物流服务，其目的就是为了进一步提高柔佛港对来自越南、泰国和印度年均 50 万吨进口粮食的配送速度和运输效率，及时弥补马来西亚近年来的粮食短缺。