虽然人类在乌干达的活动可以追溯到公元前1000年,但对于在其他洲的人到达这片土地之前的情况,人们现在知之甚少。当19世纪阿拉伯人和欧洲人来到的时候,这里有好几个王国,这些王国大约是16世纪建立的。其中最大最重要的王国叫做布甘达。
1888年英国将此地置于不列颠东非公司管辖下。1894年又成为英国的保护领。1962年获得独立。
1971年1月15日,陆军参谋长伊迪·阿敏发动军事政变夺取政权。在他的独裁统治下大约30万乌干达人丧生。1979年的坦桑尼亚入侵结束了他的政权,弥尔顿·奥伯托当政后情况无大改观,1985年他也被赶下台去。总统约韦里·穆塞韦尼于1986年开始执政。
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